Die Babington-Verschwörung (auch Babington-Komplott) hat ihren Namen von Anthony Babington, der im Jahr 1586 gemeinsam mit einer Gruppe von befreundeten Katholiken eine Verschwörung plante, mit dem Ziel die protestantische englische Königin Elisabeth I. zu ermorden und Maria Stuart aus dem Gefängnis in Chartley Hall zu befreien, um sie auf den englischen Thron zu bringen.
Maria erhielt Briefe von ihren Anhängern, die im ausgehöhlten Spund eines Fasses versteckt und mit einem Nomenklator verschlüsselt waren. Zum Unglück für die Verschwörer war der Überbringer der Botschaften Gilbert Gifford ein Spion der englischen Königin Elisabeth, der dafür sorgte, dass alle Briefe zu Francis Walsingham, dem Sicherheitsminister von Elisabeth, kamen.
Da die Briefe verschlüsselt waren, stellte Walsingham den erfahrenen Chiffrierungsexperten Thomas Phelippes als Geheimsekretär ein. Dem gelang die Dechiffrierung der Nachrichten mit Hilfe der Häufigkeitsanalyse.
Durch die Briefe kam die Nachricht über den geplanten Mord an Elisabeth ans Tageslicht. Walsingham wartete aber noch ab, denn er wollte die Namen aller Beteiligten erfahren. Um das zu erreichen, gab er Phelippes den Auftrag, die Briefe von und für Maria zu fälschen und diese mit einem anderem Text zu ergänzen.
Am 17. Juli 1586 antwortete Maria den Verschwörern und unterschrieb damit ihr eigenes Todesurteil. Bereits einen Monat später wurden Babington und seine Mitverschwörer gefasst und am 20. September 1586 hingerichtet.
Der Gerichtsprozess gegen Maria Stuart fand am 15. Oktober im Fotheringhay Castle statt. Obwohl sie alle Vorwürfe bestritt, entschieden die Richter aufgrund der Beweise in Gestalt der entschlüsselten Briefe doch auf schuldig und Elisabeth unterschrieb zehn Tage später das Todesurteil. Maria Stuart wurde am 8. Februar 1587 in Anwesenheit von 300 Zuschauern enthauptet.